アウトライナーはPDFファイルの他に、アウトライナー独自の専用ファイル（アウトライナープロジェクトファイル：MUP）を開けます。MUPファイルは編集状態を保存したファイルで、オリジナルのPDFファイルの情報も持っています。MUPファイルで作業状況を保存すると、その後の作業はMUPファイルを開くだけで再開できます。元のPDFファイルを用意する必要はありません。