作業は、まず編集したいPDFを開くことから始まります。
アウトライナーはPDFファイルを開けるほか、アウトライナー独自の専用ファイル（アウトライナープロジェクトファイル：MUP）を開けます。MUPファイルは編集状態を保存したファイルで、オリジナルのPDFファイルの情報も持っています。MUPファイルで作業状況を保存すると、その後の作業はMUPファイルだけで行えます。最初に開いたPDFファイルを用意する必要はありません。