『PDF Tool API』では証明書による暗号化情報の削除、つまりセキュリティの解除ができます。
証明書セキュリティの解除をするためには、PDFの暗号化で受信者として証明書を登録する時点で、予めすべての権限を許可するユーザーアクセスフラグを設定しておく必要があります。また、対象のPDFを開く際にはすべての権限を許可した証明書に対応するPKCS#12ファイルを使わなくてはいけません。
証明書セキュリティの施し方次第ではセキュリティ解除ができない暗号化PDFが生成されてしまうことがあります。具体的には、PDFを暗号化する際にすべての権限を許可したユーザーアクセスフラグを設定した証明書を作らなかった場合、受信者にそのPDF文書の証明書セキュリティを解除する手段はありません。