透かしはPDF文書のページ上の指定位置に、本文と重ねて、独立な表示する文字や画像を表示する機能です。「透かし」という機能がISO 32000-1で標準化されているわけではなく、各社の製品それぞれでISO 32000-1の機能を応用して実装しています。PDF Tool API V5の透かしはISO 32000-1の8.11 オプショナルコンテント機能を使っています。オプショナルコンテントはPDF文書の内容の一部を選択して表示・印刷ができるようにする機能です。本機能はPDF 1.5以降で規定されているため、PDF Tool API V5でPDF 1.4以前のPDF文書に透かしを付けるとPDFのバージョンを1.5に変更します(ISO 32000ではPDF 1.6から「透かし注釈（Watermark Annotation）」が規定されていますが、本章で説明する透かしは「透かし注釈」ではありません。また、アドビのAcrobatやアンテナハウスの『瞬簡PDF編集』にも「透かし」という名前の機能がありますが、PDF Tool API V5の透かし機能は、アドビのAcrobatや、アンテナハウスPDF Driver V7.5、『瞬簡PDF編集』の透かし機能とは互換性がありません。)。