座標系オプションの設定で具体的に選択できる項目は原点の位置、座標の単位、座標系の種類です。
原点の位置について、通常PDF Tool APIはy軸上向きが正になる座標を扱いますが、原点の位置を変更することでy軸下向きが正になる座標を複雑な計算無しで扱うことができます。座標の単位はmm単位と、ポイント単位から選択できます。座標系の種類を変更することで、PDFのページを回転させたとき、その回転に従って座標軸も回転するように指定できます。